Từ một vận động viên năng khiếu, vào đội trẻ, Nguyễn Hữu Thắng được đôn lên đội 1 Sông Lam Nghệ An (khoảng năm 1992). Cùng lứa với Hữu Thắng có Phan Thanh Tuấn, Ngô Quang Trường, Nguyễn Văn Tiến,… Vào thời điểm đó, vị trí trung vệ sở trường của Thắng do đàn anh Nguyễn Quang Hải án ngữ.

Năm 1993, anh được chọn vào đội hình chính thức, vị trí trung vệ dập. Nhờ vào lối chơi mạnh mẽ, Nguyễn Hữu Thắng được ban huấn luyện và người hâm mộ xứ Nghệ để ý. Cùng năm đó, câu lạc bộ đoạt huy chương đồng giải vô địch quốc gia và tên tuổi của Thắng bắt đầu nổi tiếng. Hữu Thắng là một hậu vệ có lối chơi rắn của đội.

Năm 1996, khi CLB Juventus sang Việt Nam đá giao hữu, những cầu thủ lừng danh từng từng tham chiến ở đấu trường đỉnh cao Serie A như Gianluca Vialli, Lombardo... đều "cóng chân" trước lối đá băm bổ và rất "bốc" của Hữu Thắng. Đồng nghiệp cùng thời và là cầu thủ số 1 Việt Nam lúc bấy giờ, Lê Huỳnh Đức, đã nhận xét Nguyễn Hữu Thắng là hậu vệ mà anh ngại đối đầu nhất.